Pymol & BioPython | PDB文件中氨基酸序列的提取

1. Pymol

当前目录下有一个PDB文件，利用pymol的命令模式：

pymol receptor.pdb -c -d "save receptor.fasta"

 

2. BioPython

from Bio import PDB parser = PDB.PDBParser() structure = parser.get_structure('2FH7', '2FH7.pdb') ppb = PDB.PPBuilder() for pp in ppb.build_peptides(structure): print (pp.get_sequence()) model = structure[0] for pp in ppb.build_peptides(model): print (pp.get_sequence())

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