有的时候运行DIADEM metric这个评价指标的时候会报错，报错的形式如下图所示，会提示在哪一行有错误，比如这个案例中说的是17行有错，然后发现问题在于17行的type为负数，没有办法处理。
java.util.zip.DataFormatException: Improper SWC format at line 17 of 080926a.tif.v3dpbd.swc
at org.krasnow.cng.data.ReadSWC.convertSwcToSwcTreeList(ReadSWC.java:115)
at org.krasnow.cng.data.ReadSWC.convertSwcToBinaryTreeList(ReadSWC.java:175)
at org.krasnow.cng.diadem.DiademMetric.scoreReconstruction(DiademMetric.java:580)
at org.krasnow.cng.diadem.DiademMetric.main(DiademMetric.java:3121)
解决的方案
refineGroundTruth.m
clear
clc
%净化swc，将所有负数和0的type改为正数3
%verson 1(2019.11.1)
ground_truth_folder='C:\Users\penglab\Desktop\data analyse\DiademMetric\ground_truth\mouseRGC\';
V3DIOPATH='D:\v3d_2013\v3d_external\matlab_io_basicdatatype';
addpath(V3DIOPATH)
swc_sufix= '*.swc' ;
after_refine_suffix= '_r.swc';
all_swc_name=dir(fullfile(ground_truth_folder,swc_sufix));
swcNames={all_swc_name.name}';
if isempty(swcNames)
disp(['error , empty swcNames in ' ground_truth_folder])
end
for j=1:size(swcNames,1)
swc=load_v3d_swc_file([ground_truth_folder swcNames{j}]);
%function1 将所有负数和0的type修改为
for i=1:size(swc,1)
if(swc(i,2)<=0)
swc(i,2)=3;
end
end
save_v3d_swc_file(swc,[ground_truth_folder swcNames{j} after_refine_suffix]);
disp(['save file as ' swcNames{j} after_refine_suffix])
end
我的解决方案是读取指定路径下所有的swc，在同位置生成修正后的SWC，将所有负数和0的type改为正数3，也可以按照自己的需求进行修改。
