RNA-seq基础入门作业（1）：计算机环境的准备

System Preparation: Ubantu 16.04 Software Installation: 1.anaconda get root authority

sudo passwd root su root

install anaconda python 2.7

mkdir src biosoft cd src wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda2-2019.10-Linux-x86_64.sh bash Anaconda2-2019.10-Linux-x86_64.sh vi ~/.bashrc #Added by Anaconda3 export PATH="/home/geng/biosoft/anaconda/bin:$PATH" source ~/.bashrc conda # test conda conda list # see installed software

now we can use anaconda to install other tools

2.sratoolkit 介绍： sratoolkit的主要用途还是把NCBI SRA（Sequence Read Archive）数据库中的NGS序列数据从 sra 格式转换到 fastq 格式，以便于后续的数据分析。 官网主页：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 中文相关介绍一篇：http://www.cnblogs.com/OA-maque/p/4799074.html @青山屋主 提供

conda install -c daler sratoolkit prefetch -v # test

3.hisat2 简介：将测序结果比对到人类参考基因组上。HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用。 官网主页：http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml 中文相关介绍：https://www.plob.org/article/10380.html @青山屋主 提供

conda install -c bioconda hisat2 source ~/.bashrc hisat2 # test

4.samtools 简介：一种处理SAM、BAM文件的工具软件。BAM格式文件是存放高通量测序中比对结果的标准格式文件。 官网主页：旧主页http://samtools.sourceforge.net/ 新主页http://www.htslib.org 中文相关介绍：http://www.cnblogs.com/OA-maque/p/4827146.html @青山屋主 提供

conda install -c bioconda samtools

5.htseq-count 简介：htseq-count 是一款用于reads计数的软件，他能对位于基因组上的一些单位的reads数进行统计，这里所说的单位主要是指染色体上的一组位置区间（我们常见的就是gene exon） 官网主页：http://www-huber.embl.de/users/anders/HTSeq/doc/install.html#installation-on-linux 中文相关介绍：http://yangl.net/2016/09/21/htseq-count_manual/ http://www.cnblogs.com/OA-maque/p/4835033.html @青山屋主 提供

conda install -c bioconda htseq # test python >>>import HTSeq

6.fastqc 介绍：二代测序数据质量分析软件 官网主页：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ 中文相关介绍一篇：https://zhuanlan.zhihu.com/p/20731723 @青山屋主 提供

conda install -c bioconda fastqc fastqc #test

最后感谢生信技能树提供的学习资料